Merge branch 'master' into feat/dbt-bigquer-monitoring

prefeitura-rio · Jan 27, 2025 · ca870fa · ca870fa
2 parents 9185bf7 + 86ae18f
commit ca870fa
Show file tree

Hide file tree

Showing 59 changed files with 2,000 additions and 1,131 deletions.
diff --git a/.pre-commit-config.yaml b/.pre-commit-config.yaml
@@ -1,6 +1,6 @@
 repos:
   - repo: https://github.com/pre-commit/pre-commit-hooks
-    rev: v4.4.0
+    rev: v5.0.0
     hooks:
       - id: check-added-large-files # prevents adding large files
       - id: detect-private-key # detects private keys

diff --git a/dbt_project.yml b/dbt_project.yml
@@ -290,6 +290,15 @@ models:
             dado_pessoal: sim
             dado_sensivel: sim
             dominio: historico_clinico_app
+      subpav:
+        indicadores_paciente:
+          +schema: projeto_subpav
+          +tags: ["weekly", "subpav"]
+          +labels:
+            dado_publico: nao
+            dado_pessoal: sim
+            dado_sensivel: sim
+            dominio: subpav
       subgeral:
         cnes:
           +schema: projeto_cnes_subgeral

diff --git a/macros/calculate_age.sql b/macros/calculate_age.sql
@@ -0,0 +1,9 @@
+{% macro calculate_age(date_of_birth) %}
+    DATE_DIFF(CURRENT_DATE(), {{ date_of_birth }}, YEAR) 
+    - CASE 
+        WHEN EXTRACT(MONTH FROM {{ date_of_birth }}) * 100 + EXTRACT(DAY FROM {{ date_of_birth }}) 
+             > EXTRACT(MONTH FROM CURRENT_DATE()) * 100 + EXTRACT(DAY FROM CURRENT_DATE()) 
+        THEN 1
+        ELSE 0
+      END
+{% endmacro %}
diff --git a/models/intermediate/core/int_estoque__material_relacao_remume_por_estabelecimento.sql b/models/intermediate/core/int_estoque__material_relacao_remume_por_estabelecimento.sql
@@ -2,15 +2,7 @@ with
     -- Sources 
     remume as (
         select
-            *,
-            split(
-                substr(
-                    remume_disponibilidade_relacao,
-                    1,
-                    length(remume_disponibilidade_relacao) - 1
-                ),
-                ';'
-            ) as remume_disponibilidade_relacao_array,
+            *
         from {{ ref("raw_sheets__material_mestre") }}
         where remume_indicador = "sim" and ativo_indicador = "sim"
     ),
@@ -27,14 +19,13 @@ with
             est.prontuario_versao,
             est.prontuario_estoque_tem_dado,
             remume.cadastrado_sistema_vitacare_indicador,
-            remume.remume_disponibilidade_relacao_array,
+            remume.remume_disponibilidade_relacao,
             remume.id_material,
             remume.remume_listagem_relacao,
             remume.remume_listagem_basico_indicador,
             remume.remume_listagem_hospitalar_indicador,
             remume.remume_listagem_uso_interno_indicador,
-            remume.remume_listagem_antiseptico_indicador,
-            remume.remume_listagem_estrategico_indicador
+            remume.remume_listagem_estrategico_indicador,
         from estabelecimento as est
         cross join remume
     ),
@@ -43,8 +34,8 @@ with
         select *
         from combinacao_estabelecimento_remume
         where
-            tipo_sms_simplificado in unnest(remume_disponibilidade_relacao_array)
-            or id_cnes in unnest(remume_disponibilidade_relacao_array)
+            tipo_sms_simplificado in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
+            or id_cnes in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
         order by id_cnes
     ),
 
@@ -64,47 +55,28 @@ with
     remume_distintos as (
         select
             id_material,
-            remume_disponibilidade_relacao_array,
             remume_listagem_relacao,
             remume_listagem_basico_indicador,
             remume_listagem_hospitalar_indicador,
             remume_listagem_uso_interno_indicador,
-            remume_listagem_antiseptico_indicador,
             remume_listagem_estrategico_indicador,
         from remume
         where
-            array_length(remume_disponibilidade_relacao_array) > 2
+            array_length(remume_disponibilidade_relacao) > 2
             or (
-                array_length(remume_disponibilidade_relacao_array) = 1
+                array_length(remume_disponibilidade_relacao) = 1
                 and not (
-                    contains_substr(
-                        array_to_string(remume_disponibilidade_relacao_array, ','),
-                        "HOSPITAL"
-                    )
-                    or (
-                        contains_substr(
-                            array_to_string(remume_disponibilidade_relacao_array, ','),
-                            "MATERNIDADE"
-                        )
-                    )
+                    'HOSPITAL' in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
+                    or 'MATERNIDADE' in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
                 )
             )
             or (
-                array_length(remume_disponibilidade_relacao_array) = 2
+                array_length(remume_disponibilidade_relacao) = 2
                 and not (
-                    contains_substr(
-                        array_to_string(remume_disponibilidade_relacao_array, ','),
-                        "HOSPITAL"
-                    )
-                    and (
-                        contains_substr(
-                            array_to_string(remume_disponibilidade_relacao_array, ','),
-                            "MATERNIDADE"
-                        )
-                    )
+                    'HOSPITAL' in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
+                    and 'MATERNIDADE' in unnest(remume_disponibilidade_relacao)
                 )
             )  -- TPC só abastece APS, então só considerar itens que não são exclusivos para hospitais e maternidades
-
     ),
 
     relacao_remume_tpc as (
@@ -115,13 +87,12 @@ with
             "" as prontuario_versao,
             "" as prontuario_estoque_tem_dado,
             "" as cadastrado_sistema_vitacare_indicador,
-            array["TPC"] as remume_disponibilidade_relacao_array,
+            array["TPC"] as remume_disponibilidade_relacao,
             remume.id_material,
             remume.remume_listagem_relacao,
             remume.remume_listagem_basico_indicador,
             remume.remume_listagem_hospitalar_indicador,
             remume.remume_listagem_uso_interno_indicador,
-            remume.remume_listagem_antiseptico_indicador,
             remume.remume_listagem_estrategico_indicador
         from remume_distintos as remume
     )

diff --git a/models/intermediate/dit/historico_clinico/episodio/_historico_clinico_schema.yml b/models/intermediate/dit/historico_clinico/episodio/_historico_clinico_schema.yml
@@ -4,7 +4,15 @@ models:
     description: >
       Tabela com uma visão consolidada dos atendimentos realizados em
       estabelecimentos de saúde.
-    columns:
+    columns:      
+      - name: id_hci
+        description: >
+          Identificador único para o atendimento
+        data_tests:
+          - not_null:
+              name: int_historico_clinico__episodio__vitai__id__not_null
+          - unique:
+              name: int_historico_clinico__episodio__vitai__id__unique
       - name: paciente
         description: >
           Informações sobre os pacientes envolvidos no atendimento, incluindo
@@ -107,6 +115,9 @@ models:
       - name: medicamentos_administrados.via_administracao
         description: >
           Indica qual via é feita a administração do medicamento.
+      - name: medicamentos_administrados.prescricao_data
+        description: >
+          Indica qual data foi prescrito o medicamento a ser administrado.
       - name: alergias
         description: >
           Descrições das alergias associadas ao atendimento, extraídas dos
@@ -159,9 +170,9 @@ models:
         description: >
           Informações adicionais sobre o atendimento, como o fornecedor e o
           identificador do atendimento.
-      - name: prontuario.id_atendimento
+      - name: prontuario.id_prontuario_global
         description: |
-          ID do atendimento.
+          ID do atendimento utilizado no prontuário do qual ele vem.
         data_tests:
           - not_null:
               name: int_historico_clinico__episodio__vitai__id_episodio__not_null
@@ -198,12 +209,9 @@ models:
       Tabela com uma visão consolidada dos atendimentos realizados em
       estabelecimentos de saúde.
     columns:
-      - name: id
+      - name: id_hci
         description: >
-          Identificador único para o atendimento, composto pelo CNES do
-          estabelecimento e pelo identificador do atendimento (`gid`). 
-          Utilizado para diferenciar atendimentos entre diferentes
-          estabelecimentos.
+          Identificador único para o atendimento
         data_tests:
           - not_null:
               name: int_historico_clinico__episodio__vitacare__id__not_null
@@ -440,9 +448,12 @@ models:
         description: >
           Informações adicionais sobre o atendimento, como o fornecedor e o
           identificador do atendimento.
-      - name: prontuario.id_atendimento
+      - name: prontuario.id_prontuario_global
         description: |
-          ID do atendimento.
+          ID do atendimento do prontuário do qual ele vem. 
+          Composto pelo CNES do estabelecimento e pelo identificador do atendimento (`gid`). 
+          Utilizado para diferenciar atendimentos entre diferentes
+          estabelecimentos.
       - name: prontuario.fornecedor
         description: |
           Fornecedor do prontuário.

diff --git a/...intermediate/dit/historico_clinico/episodio/int_historico_clinico__episodio__vitacare.sql b/...intermediate/dit/historico_clinico/episodio/int_historico_clinico__episodio__vitacare.sql
@@ -60,7 +60,7 @@ with
     ),
     condicoes as (
         select distinct
-            id as fk_atendimento,
+            id_prontuario_global as fk_atendimento,
 
             json_extract_scalar(condicao_json, "$.cod_cid10") as id,
 
@@ -101,7 +101,7 @@ with
     -- -=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--
     procedimentos as (
         select
-            id as fk_atendimento,
+            id_prontuario_global as fk_atendimento,
             case
                 when
                     json_extract_scalar(procedimentos_json, '$.procedimento_clinico')
@@ -151,7 +151,7 @@ with
     ),
     prescricoes as (
         select
-            id as fk_atendimento,
+            id_prontuario_global as fk_atendimento,
             replace(
                 json_extract_scalar(prescricoes_json, "$.cod_medicamento"), "-", ""
             ) as id,
@@ -207,7 +207,7 @@ with
 
     medidas_padronizadas as (
         select
-            id as fk_atendimento,
+            id_prontuario_global as fk_atendimento,
             case
                 when
                     nome in (
@@ -324,7 +324,7 @@ with
     -- -=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--
     fato_atendimento as (
         select
-            atendimento.id,
+            atendimento.id_hci,
 
             -- Paciente
             atendimento.cpf,
@@ -391,7 +391,7 @@ with
 
             -- Prontuário
             struct(
-                atendimento.id as id_atendimento, 'vitacare' as fornecedor
+                atendimento.id_prontuario_global, 'vitacare' as fornecedor
             ) as prontuario,
 
             -- Metadados
@@ -408,17 +408,17 @@ with
         left join dim_profissional on atendimento.cns_profissional = dim_profissional.pk
         left join
             dim_condicoes_atribuidas
-            on atendimento.id = dim_condicoes_atribuidas.fk_atendimento
-        left join dim_medidas on atendimento.id = dim_medidas.fk_atendimento
+            on atendimento.id_prontuario_global = dim_condicoes_atribuidas.fk_atendimento
+        left join dim_medidas on atendimento.id_prontuario_global = dim_medidas.fk_atendimento
         left join
             dim_procedimentos_realizados
-            on atendimento.id = dim_procedimentos_realizados.fk_atendimento
+            on atendimento.id_prontuario_global = dim_procedimentos_realizados.fk_atendimento
         left join
             dim_prescricoes_atribuidas
-            on atendimento.id = dim_prescricoes_atribuidas.fk_atendimento
+            on atendimento.id_prontuario_global = dim_prescricoes_atribuidas.fk_atendimento
     ),
 
-    episodios_validos as (select * from fato_atendimento where id is not null)
+    episodios_validos as (select * from fato_atendimento where id_hci is not null)
 
 -- -=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--=--
 -- Finalização

diff --git a/...ls/intermediate/dit/historico_clinico/episodio/int_historico_clinico__episodio__vitai.sql b/...ls/intermediate/dit/historico_clinico/episodio/int_historico_clinico__episodio__vitai.sql
@@ -71,6 +71,7 @@ with
     boletim as (
         select
             b.gid,
+            b.id_hci,
             b.gid_paciente,
             b.gid_estabelecimento,
             estabelecimento_nome,
@@ -115,6 +116,7 @@ with
     -- Prescrições VITAI
     prescricoes_limpo as (
         select distinct
+            gid_prescricao,
             gid_boletim, 
             CASE 
                 WHEN regexp_contains(upper(item_prescrito), 'MEDICAMENTO N[Ã|A]O PADRONIZADO') THEN upper(observacao)
@@ -129,7 +131,13 @@ with
             via_administracao
         from {{ ref("raw_prontuario_vitai__basecentral__item_prescricao") }} 
         where trim(tipo_produto) = 'MEDICACAO'
-    ),   
+    ),
+    prescricao_datahora as (
+        select distinct 
+            gid, 
+            data_prescricao 
+        from {{ ref("raw_prontuario_vitai__basecentral__prescricao") }}
+    ),
     prescricoes_agg as (
         select 
             gid_boletim, 
@@ -139,10 +147,14 @@ with
                     quantidade,
                     unidade_medida,
                     uso,
-                    via_administracao
+                    via_administracao,
+                    data_prescricao as prescricao_data
                 )
+                order by data_prescricao desc
             ) as medicamentos_administrados
         from prescricoes_limpo
+        left join prescricao_datahora
+            on gid = gid_prescricao
         group by 1
     ),
     -- =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-
@@ -344,6 +356,7 @@ with
     exame as (
         select
             gid,
+            id_hci,
             gid_paciente,
             gid_estabelecimento,
             estabelecimento_nome,
@@ -372,7 +385,7 @@ with
                 )
             ) as exames_realizados
         from exame_dupl
-        group by 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18
+        group by 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,19
     ),
     -- =-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-
     -- Montagem do episódio e enriquecimento
@@ -418,6 +431,7 @@ with
     -- Monta base do episódio para ser enriquecida
     atendimento_struct as (
         select
+            id_hci,
             episodios_distinct.gid as id,
             queixa_final.queixa as motivo_atendimento,
             episodios_distinct.tipo,
@@ -439,7 +453,7 @@ with
                 estabelecimentos.tipo_sms_simplificado as estabelecimento_tipo
             ) as estabelecimento,
             struct(
-                episodios_distinct.gid as id_atendimento, "vitai" as fornecedor
+                episodios_distinct.gid as id_prontuario_global, "vitai" as fornecedor
             ) as prontuario,
             episodios_distinct.imported_at,
             episodios_distinct.updated_at,
@@ -454,6 +468,7 @@ with
         from
             (
                 select distinct
+                    id_hci,
                     gid,
                     gid_estabelecimento,
                     estabelecimento_nome,
@@ -479,6 +494,7 @@ with
 
     final as (
         select
+            id_hci,
             -- Paciente
             atendimento_struct.paciente.cpf as cpf,