Skip to content

suite2p 動作環境構築

Jump to bottom
hassyy edited this page Sep 5, 2021 · 1 revision

目的

2光子Ca Imagingパイプラインツールであるsuite2pの動作環境構築方法の確認。

公式

suite2p github

アプローチ

手順

  • レポジトリのクローン
git clone https://github.com/MouseLand/suite2p.git
  • クローン後のディレクトリ
root@3bf14891b2b3:~/suite2p
# ls
CODE_OF_CONDUCT.md  MANIFEST.in  benchmarks/  docs/            gui_images/  jupyter/  setup.cfg  suite2p/  tox.ini
LICENSE             README.md    data/        environment.yml  helpers/     scripts/  setup.py   tests/
  • conda環境構築
conda env create -f environment.yml
  • 実行後のconda環境
root@3bf14891b2b3:~/suite2p
# conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /opt/conda
caiman                   /opt/conda/envs/caiman
suite2p                  /opt/conda/envs/suite2p
  • conda activate
# conda activate suite2p
(suite2p) root@3bf14891b2b3:~/suite2p
#
  • suite2pモジュールの実行。。。しかしエラーとなる。
# python -m suite2p
qt.qpa.plugin: Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was found.
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

Available platform plugins are: eglfs, linuxfb, minimal, minimalegl, offscreen, vnc, wayland-egl, wayland, wayland-xcomposite-egl, wayland-xcomposite-glx, webgl, xcb.

Aborted (core dumped)
  • デバッグ
QFactoryLoader::QFactoryLoader() checking directory path "/opt/conda/envs/suite2p/bin/platforms" ...
loaded library "/opt/conda/envs/suite2p/lib/python3.8/site-packages/PyQt5/Qt5/plugins/platforms/libqxcb.so"
qt.qpa.xcb: could not connect to display
qt.qpa.plugin: Could not load the Qt platform plugin "xcb" in "" even though it was found.
This application failed to start because no Qt platform plugin could be initialized. Reinstalling the application may fix this problem.

となるのでlibqxcb.soをlddで見てnot foundなモジュールを確認。こちらの解決策を試すも解決できない。

解決の可能性

  • libqxcb-util 関係のライブラリ確認（libqxcb-util.so.0のシンボリックリンクではなく本物を入れる）
  • XServer周りの設定
  • Debianのバージョンアップ（現状buster → bulleyes）
Clone this wiki locally