Added scaffolding (#11)

ocbe-uio · Oct 22, 2024 · d170a1b · d170a1b
1 parent 8161f4d
commit d170a1b
Showing 1 changed file with 47 additions and 0 deletions.
diff --git a/src/UpdateRPlee11_cpp.cpp b/src/UpdateRPlee11_cpp.cpp
@@ -10,6 +10,53 @@ Rcpp::List UpdateRPlee11_cpp(
   const std::string method,
   const bool MRF_G
 ){
+  // p <- sobj$p
+  // tau <- hyperpar$tau
+  // cb <- hyperpar$cb
+
+  // if (method == "Pooled" && MRF_G) {
+  //   x <- sobj$X
+  //   J <- hyperpar$J
+  //   ind.r <- hyperpar$ind.r
+  //   ind.d <- hyperpar$ind.d
+  //   ind.r_d <- hyperpar$ind.r_d
+  //   be.prop.sd.scale <- hyperpar$be.prop.sd.scale
+  //   be.ini <- ini$beta.ini
+  //   ga.ini <- ini$gamma.ini
+  //   h <- ini$h
+
+  //   # erg = UpdateRP.lee11.helper(n, p, x, J, ind.r, ind.d, ind.r_d, be.ini, ga.ini, h, tau, cb)
+  //   erg <- updateRP_genomic_cpp(
+  //     p, x, J, ind.r, ind.d, ind.r_d,
+  //     be.ini, be.prop.sd.scale, ga.ini, h, tau, cb
+  //   )
+
+  //   beta.ini <- as.vector(erg$be.ini)
+  //   acceptlee <- erg$acceptl
+  // } else {
+  //   beta.ini <- acceptlee <- vector("list", S)
+  //   for (g in 1:S) { # loop through subgroups
+
+  //     x <- sobj$X[[g]]
+  //     J <- hyperpar$J[[g]]
+  //     ind.r <- hyperpar$ind.r[[g]]
+  //     ind.d <- hyperpar$ind.d[[g]]
+  //     ind.r_d <- hyperpar$ind.r_d[[g]]
+  //     be.ini <- ini$beta.ini[[g]]
+  //     be.prop.sd.scale <- hyperpar$be.prop.sd.scale[[g]]
+  //     ga.ini <- ini$gamma.ini[[g]]
+  //     h <- ini$h[[g]]
+
+  //     # erg = UpdateRP.lee11.helper(n, p, x, J, ind.r, ind.d, ind.r_d, be.ini, ga.ini, h, tau, cb)
+  //     erg <- updateRP_genomic_cpp(
+  //       p, x, J, ind.r, ind.d, ind.r_d,
+  //       be.ini, be.prop.sd.scale, ga.ini, h, tau, cb
+  //     )
+
+  //     beta.ini[[g]] <- as.vector(erg$be.ini)
+  //     acceptlee[[g]] <- erg$acceptl
+  //   }
+  // }
   Rcpp::List out = Rcpp::List::create(
     Rcpp::Named("beta.ini") = NA_REAL, // TEMP
     Rcpp::Named("acceptlee") = NA_REAL // TEMP