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output: github_document
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<!-- README.md is generated from README.Rmd. Please edit that file -->
```{r, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>",
fig.path = "man/figures/README-",
out.width = "100%"
)
```
# OliveHealthR <img src="man/figures/OliveHealthRfavicon.png" align="right" height="139"/>
<!-- badges: start -->
[](https://www.tidyverse.org/lifecycle/#stable)
<!-- badges: end -->
OliveHealthR è un software che svolge analisi sui dati provenienti dal progetto OliveHealth. L'obiettivo principale del progetto è quello di identificare le componenti salutistiche (es. polifenoli) in prodotti della filiera olivicola (quali foglie, drupe e
olio) correlandole alla geo-localizzazione di ciascun appezzamento. Sulla base di queste informazioni
verranno prodotti dataset delle variabili rappresentative delle principali caratteristiche fenotipiche,
biochimiche e genetiche associate all’ulivo dalle quali nascerà un database messo a disposizione ai
produttori olivicoli campani.Per maggiori informazioni sul progetto clicca [qui](https://olivehealth.it).\
## Come si installa
OliveHealthR è un pacchetto creato utilizzando le librerie shiny di R e, pertanto, per poter utilizzarlo bisogna installare i softwareR e Rstudio. Se li hai già installati puoi saltare questi passaggi e andare allo step 3.
### 1 Installazione dei software necessari
#### I. Installare R
Scarica e installa R da uno di questi link. Scegli in base al sistema operativo utilizzato.
* **Windows:** https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
* **OS:** https://cran.r-project.org/bin/macosx/
* **Ubuntu:** in questo caso segui la procedura qui descritta https://www.r-bloggers.com/2013/03/download-and-install-r-in-ubuntu/
#### II. Installa RStudio
Dopo aver installato R, installare RStudio. Apri il seguente link https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download e scegliere la versione corrispondente al tuo sistema operativo.
#### III. Operazioni aggiuntive in base al sistema operativo
Per poter far funzionare correttamente il software è necessario eseguire alcuni passaggi supplementari che cambiano in base al tuo sistema operativo:
* **Solo per utenti Windows.**\
Se sei un utente Windows è necessario installare anche Rtools utilizzando questo link: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools.
Se il tuo computer non ha Windows puoi tranquillamente saltare questo passaggio.
* **Solo per utenti MacOS (da controllare).**\
Se sei un utente MacOS è necessario lanciare questa riga di comando dal Terminale del computer:
``` r
brew install imagemagick@6
```
* **Solo per utenti Ubuntu (testato su 18.04).**\
Se sei un utente Ubuntu bisogna installare delle librerie aggiuntive lanciando dal terminale le seguenti linee di codice:\
```
sudo apt install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev
sudo apt install libudunits2-dev
sudo apt install libgdal-dev
sudo apt install libmagick++-dev
sudo apt-get install libc6
```
### 2. Installazione dei pacchetti di R
Ora che hai installato tutti i software necessari, avvia il programma Rstudio. Al primo avvio la schermata iniziale è la seguente:
```{r echo=F}
knitr::include_graphics("C:/Users/fabio/Desktop/OliveHealthR/vignettes/rstudio.png")
```
Tutti i codici di R che dovrai utilizzare nei passaggi seguenti dovranno essere copiati e incollati nella parte evidenziata nella figura precedente. Una volta incollati, per eseguire il comando basta premere il tasto Invio.
Detto ciò, procediamo all'installazione del pacchetto OliveHealthR lanciando i codici qui sotto:
``` r
if(!requireNamespace("devtools"))install.packages("devtools")
devtools::install_github("ShinyFabio/OliveHealthR")
```
Per farlo seleziona semplicemente le due righe di codice, incollale in RStudio e premi Invio. Se esce un messaggio come questo nella figura sottostante cliccare su <strong>No</strong>.
```{r out.width='400px', echo=F, fig.align="center"}
knitr::include_graphics("C:/Users/fabio/Desktop/OliveHealthR/vignettes/compilazione.png")
```
Il processo di installazione richiede qualche minuto. Al termine OliveHealthR sarà pronto all'uso. Prima di avviare il software, puoi decidere di installare tutte le immagini accessorie (cromatogrammi, foto di drupe, foto di foglie etc.). Questo passaggio è facoltativo. Per farlo lancia il codice qui sotto riportato:
``` r
OliveHealthR::download_photo()
```
### 3. Avvio di OliveHealthR
Arrivati a questo punto sei pronto per lanciare OliveHealthR. Esegui semplicemente le due righe di codice qui riportate:
``` r
library(OliveHealthR)
OliveHealthR::run_OliveHealthR()
```
### 4. Aggiornamento
Qualora fossero disponibili versioni più aggiornate del software, per eseguire l'aggiornamento è sufficiente lanciare questo codice:
``` r
devtools::update_packages("OliveHealthR", upgrade = "always")
```
Dopo che l'aggiornamento è completato, è necessario riscaricare le foto (vedi step 2).